Producten

We hebben onlangs gemeld dat pyreennucleotide bij voorkeur wordt ingevoegd tegenover een abasische plaats, de 3'-T van een thyminedimeer en de meeste onbeschadigde basen door gist-DNA-polymerase eta (pol eta).Omdat pyreen een niet-polair molecuul is zonder H-bindingsvermogen, worden de ongewoon hoge efficiënties van dPMP-insertie toegeschreven aan het superieure vermogen om basen te stapelen, en onderstrepen ze het belang van basenstapeling bij de selectie van nucleotiden door poleta.Om de rol van H-binding en basenpaargeometrie bij de selectie van nucleotiden door pol eta te onderzoeken, bepaalden we de insertie-efficiëntie van de base-gemodificeerde nucleotiden 2,6-diaminopurine, 2-aminopurine, 6-chloropurine en inosine die zouden maak een ander aantal H-bindingen met de sjabloonbasis, afhankelijk van de geometrie van het basenpaar.Watson-Crick basenparing lijkt een belangrijke rol te spelen bij de selectie van nucleotide-analogen voor insertie tegenover C en T, zoals blijkt uit de afname van de relatieve insertie-efficiëntie met een afname van het aantal Watson-Crick H-bindingen en een toename van het aantal donor-donor en acceptor-acceptor interacties.De selectiviteit van nucleotide-insertie is groter tegenover de 5'-T dan de 3'-T van het thyminedimeer, in overeenstemming met eerder werk dat suggereert dat de 5'-T stijver wordt vastgehouden dan de 3'-T.Bovendien lijkt insertie van A tegenover beide T's van het dimeer te worden gemedieerd door Watson-Crick-basenparing en niet door Hoogsteen-basenparing, gebaseerd op de bijna identieke insertie-efficiëntie van A en 7-deaza-A, waarvan de laatste H- mist. hechtingsvermogen op N7.De relatieve efficiënties voor insertie van nucleotiden die Watson-Crick-basenparen kunnen vormen, lopen parallel met die voor het Klenow-fragment, terwijl het Klenow-fragment sterker discrimineert tegen mismatches, in overeenstemming met zijn grotere vormselectiviteit.Deze resultaten onderstrepen het belang van H-binding en de geometrie van Watson-Crick-basenparen bij de selectie van nucleotiden door zowel pol eta als het Klen ow-fragment, en de kleinere rol van vormselectie bij insertie door pol eta vanwege de meer open en minder beperkte actieve plaats.